Agathonissi is een klein eiland (13km2), rustig en vreedzaam met slechts ezels en hanen die je in de ochtend wakker maken, aangezien zij vrijwel het enige geluid produceren op het autovrije eiland, waar maar 100 mensen wonen. Zij leven van de visserij en het toerisme in de zomermaanden. Ondanks hun ontberingen zijn ze vriendelijk en gastvrij. Het eiland heette oorspronkelijk Tragea of Netousa en kreeg zijn huidige naam door een priester in het begin van vorige eeuw. Het woord "Agathos" betekent goed of onnozel, en een gemeenschappelijke vertaling is "Eiland van de gekken" of "Eiland van de goedmoedigen".

Agathonisi ligt slechts tien kilometer van de Turkse kust en dit heeft in de geschiedenis gevolgen gehad voor het kleine eiland. Oorspronkelijk was het een plaats voor ballingen tijdens de Romeinse en Byzantijnse tijd en later werd het veelvuldig aangevallen door piraten, zodat het vrijwel onbewoond werd. In 1922 werd Agathonisi bezet door Italiaanse troepen en werd niet bevrijd, maar de de Tweede Wereldoorlog bij Griekenland gevoegd. In de 80-er jaren kreeg het eindelijk electriciteit en telefoonlijnen. Het eiland heeft geen bijzondere bezienswaardigheden, afgezien van een paar kleine kerkjes. Er zijn drie dorpen op het eiland met uitzondering van de haven Ag Georgios: Katholiko, een verlaten vissersdorp, Megalo chorio, waar de meeste eilandbewoners leven en Mikro chorio.