Een donkere periode uit de geschiedenis van Samos is de brand die in de zomer van 2000 woedde. Het was extreem droog en er stond een stevige wind. Op vrijdag 7 juli werd na enkele uren het vliegveld gesloten en niet veel later draaide de wind naar het zuiden, zodat inwoners en toeristen in Pythagorion werden bedreigd. Politie, brandweer en havenpersoneel werkten op volle toeren en toeristen stonden onzeker in de haven, te wachten wat er zou komen. De meeste mensen liepen veelvuldig te hoesten want er hing veel rook in de lucht. De sfeer was gespannen.

Later die avond ging de wind liggen, maar draaide de volgende dag naar het noorden zodat toen dezelfde bedreiging in Kokkari ontstond. De meeste toeristen werden geëvacueerd naar bestemmingen in Turkije, naar naastgelegen Griekse eilanden of, zoals de meesten, naar het thuisland. De brandweer is een week druk bezig geweest om de brand onder controle te krijgen. In Ireon was de elektriciteit uitgevallen en op sommige plekken werden agregaten ingezet. Toch konden veel restauranteigenaren niet voorkomen dat veel vis en vlees uit de diepvries dreigde te bederven. Er werd voor de mensen uit de buurt een grote barbecue gehouden om op die manier de schade nog een beetje te beperken. Ondanks de enorme inzet van de brandweer, kon niet worden voorkomen dat grote stukken natuur vernield werden. Een onwerkelijke aanblik van heel veel zwart met grijs was het treurige gevolg.